Régimes alimentaires et microbiote : comparaison des effets

Une revue de littérature scientifique, publiée le 15 juillet dernier dans la revue Nature Reviews Microbiology par des chercheurs de l’Université de Cork en Irlande, met en lumière l’impact des choix alimentaires sur la composition et le fonctionnement du microbiote intestinal. L’étude explore notamment comment la situation géographique et les habitudes alimentaires influencent la santé intestinale.

Les résultats soulignent le rôle crucial du microbiote intestinal dans la prévention des maladies chroniques et l’amélioration du bien-être psychologique. Ainsi à travers l’analyse comparée de plusieurs régimes alimentaires (méditerranéen, végétarien, cétogène et occidental), les chercheurs apportent des éléments de compréhension essentiels pour orienter les recommandations nutritionnelles futures.

Microbiote intestinal et santé humaine

Les liens entre microbiote et santé humaine ont été confirmés ces 15 dernières années grâce au séquençage à haut débit et l’analyse du microbiote humain. Toutefois ces relations sont encore au stade d’études afin de comprendre la régulation de nombreux processus métaboliques et de préciser les éventuels usages thérapeutiques.

Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des bactéries, virus, protozoaires et champignons qui peuplent notre tube digestif. En effet sa diversité et son équilibre jouent un rôle fondamental dans le maintien de la santé globale. Des recherches récentes ont démontré que le microbiote intestinal influence non seulement la digestion et le métabolisme des nutriments, mais aussi le fonctionnement du système immunitaire et le bien-être psychologique. Un déséquilibre du microbiote (dysbiose) peut alors contribuer au développement de diverses pathologies, telles que les maladies inflammatoires de l’intestin, le diabète de type 2 et la dépression.

Impact des régimes alimentaires sur le microbiote intestinal

Si les études précédentes se concentraient principalement sur les effets des antibiotiques, les recherches actuelles mettent en évidence l’influence des choix alimentaires sur le microbiote. Les changements alimentaires peuvent avoir des effets immédiats, mais c’est l’adoption à long terme d’un régime équilibré qui favorise une composition microbienne bénéfique.

Les avancées technologiques (séquençage métagénomique et des analyses assistées par l’intelligence artificielle) ouvrent la voie à une cartographie précise de la diversité microbienne et une meilleure compréhension de ses interactions avec l’organisme. Ces avancées permettent alors d’imaginer des recommandations nutritionnelles personnalisées. Celles-ci seraient donc basées sur la composition individuelle du microbiote de notre intestin.

Variations individuelles du microbiote intestinal

La composition du microbiote varie d’un individu à l’autre en fonction de facteurs génétiques, de l’environnement de vie et des habitudes alimentaires. Mais pas uniquement…

Les chercheurs de l’Université de Cork soulignent que la situation géographique influence la composition microbienne dans l’intestin. Par exemple, certains aliments bénéfiques pour une population peuvent avoir des effets moins favorables, voire néfastes, pour une autre, en raison des différences génétiques et culturelles.

On peut aussi noter des réponses différenciées du microbiote intestinal aux régimes alimentaires. Cette variabilité individuelle explique pourquoi un régime alimentaire qui améliore la santé d’un individu peut ne pas produire les mêmes effets chez un autre. Ces observations soulignent ainsi l’importance d’une approche nutritionnelle personnalisée mais aussi adaptée à la composition spécifique du microbiote intestinal de chaque personne.

Analyse comparée de l’impact des principaux régimes alimentaires sur le microbiote intestinal

Les régimes alimentaires les plus courants ont été étudié dans le cadre de leur impact sur la santé du microbiote intestinal. Les autres spécificités alimentaires sont peu étudiées. Intéressons-nous aux régimes documentés.

Régime méditerranéen

Le régime méditerranéen, également appelé régime crétois ou diète méditerranéenne, est un régime inventé dans les années 1960. Il s’inspire des cuisines traditionnelles du Sud de l’Espagne, de la Crète et du Sud de l’Italie.

Composition et caractéristiques

Le régime méditerranéen privilégie les aliments non transformés, principalement d’origine végétale, tels que les fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes et fruits à coque. Il inclut des graisses saines provenant de l’huile d’olive. Sans oublier des quantités modérées de produits laitiers, de fruits de mer et de viande rouge.

Effets sur le microbiote intestinal et la santé

Ce régime favorise la prolifération de bactéries bénéfiques, telles que Faecalibacterium prausnitzii et Roseburia spp. Il réduit la présence de bactéries potentiellement nocives, telles que Ruminococcus gnavus, Ruminococcus torques et Collinsella aerofaciens. Sa variante « à tendance végétarienne », augmente l’abondance des Prevotella spp. et diminue celle des Bifidobacterium spp. Ce nouvel équilibre impacte directement la perte de poids et l’amélioration des marqueurs cardiaques.

Régime végétarien

Le végétarisme est une pratique alimentaire qui exclut la consommation de chair animale. Elle est associée à la cuisine végétarienne.

Avantages anti-inflammatoires et anti-pathogènes

Les régimes végétariens, basés sur une consommation élevée de légumes, fruits, céréales complètes et légumineuses, partagent de nombreux bienfaits avec le régime méditerranéen. Leur richesse en polyphénols leur confère en effet des propriétés anti-inflammatoires et anti-pathogènes, bénéfiques pour la santé intestinale.

Impact sur la composition microbienne

Une alimentation riche en fibres favorise la prolifération de Bifidobacterium spp., de Firmicutes et de Lactobacillus spp. Ce sont des bactéries capables de fermenter les polysaccharides complexes et de produire des acides gras à chaîne courte, essentiels pour la santé intestinale. En réduisant le risque de maladies chroniques, telles que le diabète de type 2 et certains cancers, ce type de régime contribue ainsi au maintien d’un microbiote intestinal équilibré.

Régime cétogène

La diète cétogène est étudiée et diffusée aux États-Unis à partir de 1921, où le Docteur Wilder émet l’hypothèse d’un régime gras relié à la cétonémie. Alors que les médecins Helmholtz et Keith l’expérimentent pour le traitement de l’épilepsie. L’alimentation cétogène est traditionnelle chez les Inuits, des Maasaï et chez certains peuples autochtones d’Amérique du Nord.

Mécanismes métaboliques et impacts sur le microbiote intestinal

Le régime cétogène repose sur une réduction drastique des glucides, une consommation élevée de graisses et un apport modéré en protéines. Ce mode d’alimentation induit un état de cétose. L’organisme utilise alors les cétones comme source d’énergie, simulant ainsi les effets du jeûne. Ce régime suscite aujourd’hui un intérêt croissant pour ses effets sur la perte de poids et la santé métabolique.

Risques potentiels pour le système immunitaire

Toutefois, son impact sur le microbiote intestinal reste controversé. Ce régime entraîne une diminution significative des populations d’Actinobacteria et de Firmicutes, ce qui pourrait altérer l’équilibre microbien. Certaines études ont également mis en évidence une diminution de la réponse immunitaire, soulignant la nécessité d’investigations complémentaires pour évaluer les effets à long terme de ce régime.

Régime occidental

L’alimentation de type occidental a été introduite en partie par la révolution néolithique 10 000 ans avant notre ère, et surtout par la révolution industrielle au début du XIXe siècle.

Conséquences négatives sur la diversité microbienne de l’intestin

Le régime occidental, caractérisé par une consommation excessive d’aliments ultra-transformés, de sucres raffinés et de graisses saturées, a des effets délétères sur le microbiote intestinal. Il réduit la diversité microbienne et entraîne une prolifération de bactéries pathogènes, perturbant ainsi l’équilibre de l’écosystème intestinal.

Liens avec les maladies chroniques

Cette altération du microbiote intestinal est associée à une augmentation des marqueurs inflammatoires et à une diminution de la réponse immunitaire. Il favorise donc le développement de maladies chroniques telles que l’obésité, le diabète de type 2 et les maladies cardiovasculaires. En raison de ses effets néfastes sur la santé, ce régime est unanimement déconseillé par les experts en nutrition.

Vers une nutrition de précision basée sur le microbiome

La micronutrition ainsi que la connaissance du microbiome permettent ainsi d’établir le cadre d’une nutrition de précision, apte à améliorer l’état de santé de chacun.

Personnalisation des recommandations alimentaires

Face à la variabilité individuelle du microbiote intestinal, les chercheurs plaident en faveur d’une approche de «nutrition de précision», adaptée aux besoins spécifiques de chaque individu. En analysant la composition microbienne de l’intestin, la recommandation d’aliments ciblés permettrait donc de rétablir l’équilibre du microbiote et ainsi de prévenir le développement de maladies chroniques.

Perspectives thérapeutiques pour les maladies métaboliques

Cette approche ouvre de nouvelles perspectives thérapeutiques, notamment pour le traitement du diabète, de l’obésité et des maladies inflammatoires de l’intestin. En modifiant la composition du microbiote intestinal par l’alimentation, il serait donc possible  de réguler le métabolisme, de renforcer la réponse immunitaire et d’améliorer le bien-être général.

Conclusion

L’influence des choix alimentaires est déterminante pour la composition et le fonctionnement du microbiote intestinal. Si les régimes méditerranéen et végétarien présentent des effets bénéfiques avérés, le régime cétogène nécessite des études complémentaires pour en évaluer les effets à long terme. À l’inverse, le régime occidental, riche en aliments ultra-transformés, est clairement associé à une détérioration de la santé intestinale ainsi qu’à un risque accru de maladies chroniques.

Pour optimiser la santé du microbiote de notre intestin, les chercheurs appellent donc au développement de recherches plus systématiques, en vue d’élaborer des recommandations nutritionnelles personnalisées et des thérapies basées sur le microbiome. Cette approche innovante pourrait constituer une avancée majeure dans la prévention et le traitement des maladies métaboliques, ouvrant la voie à une médecine véritablement individualisée.

FAQ

1. Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?
Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes présents dans le tube digestif. Il joue un rôle clé dans la digestion, le métabolisme et la régulation du système immunitaire.

2. Comment le régime méditerranéen influence-t-il le microbiote ?
Le régime méditerranéen favorise la prolifération de bactéries bénéfiques et réduit la présence de micro-organismes pathogènes, contribuant ainsi à la prévention des maladies métaboliques.

3. Quels sont les avantages du régime végétarien pour la santé intestinale ?
Le régime végétarien, riche en fibres et en polyphénols, stimule la production d’acides gras à chaîne courte et renforce la barrière intestinale, réduisant ainsi le risque de maladies chroniques.

4. Le régime cétogène est-il bénéfique pour le microbiote ?
Bien que le régime cétogène puisse favoriser la perte de poids, il entraîne une diminution de la diversité microbienne et pourrait ainsi affaiblir la réponse immunitaire. Des études complémentaires sont nécessaires pour en évaluer les effets à long terme.

5. Pourquoi le régime occidental nuit-il à la santé du microbiote ?
Le régime occidental, riche en aliments ultra-transformés et en sucres raffinés, perturbe l’équilibre du microbiote, augmentant les marqueurs inflammatoires et le risque de maladies chroniques.

Sources :

• https://www.pasteur.fr/fr/journal-recherche/actualites/explication-effets-du-microbiote-intestinal-notre-organisme
• https://iedm.asso.fr/