La Cryptococcose : Enquête sur une Infection Fongique Sous-Estimée

La cryptococcose est une infection fongique potentiellement grave causée par le champignon Cryptococcus. Bien que relativement rare chez les individus en bonne santé, elle peut devenir un problème sérieux chez les personnes immunodéprimées, telles que les patients atteints du VIH/SIDA ou ceux sous traitement immunosuppresseur. Comprendre les aspects fondamentaux de cette maladie, y compris ses causes, ses symptômes et ses options de traitement, est crucial pour la gestion efficace des cas et pour prévenir les complications graves.

Quel est l’agent infectieux ?

La cryptococcose est une infection engendrée par deux variétés de levures encapsulées, nommées Cryptococcus neoformans et Cryptococcus gattii. Ces micro-organismes, également désignés sous le terme de « mycètes », peuvent occasionner une infection bénigne chez les individus en bonne santé, mais leur manifestation peut être sévère chez les personnes immunodéprimées. Chez ces dernières, elle peut entraîner une méningo-encéphalite, une complication pouvant mettre en péril le pronostic vital sans traitement.

La cryptococcose représente environ 15 % des décès associés au VIH, principalement en Afrique. L’agent pathogène prédominant est le Cryptococcus neoformans, présent dans les sols contaminés par les excréments d’oiseaux, notamment de pigeons, et les matières organiques. Sa transmission se fait généralement par voie aérienne.

L’autre agent infectieux, Cryptococcus gattii, est présent sur des végétaux tels que l’eucalyptus, principalement dans les régions tropicales. Bien qu’il puisse infecter des individus en bonne santé, il semble également affecter davantage les personnes immunodéprimées, ainsi que celles présentant des troubles pulmonaires, âgées de plus de 50 ans et/ou fumeuses.

Cryptococcus neoformans

Cryptococcus neoformans, un mycète encapsulé du type levure, peut survivre sur des plantes ou des animaux (on le trouve dans les fientes de pigeons). Cette espèce, également connue sous son nom téléomorphe, Filobasidiella neoformans, fait partie de la grande classe des organismes appelés Basidiomycota.

C. neoformans croît d’habitude en tant que levure, unicellulaire, par bourgeonnement. Sous certaines conditions, dans la nature ou en laboratoire, C. neoformans peut pousser comme un mycète filamenteux. S’il se développe comme une levure, C. neoformans a une importante capsule composée principalement de polysaccharides.

Ce champignon pathogène provoque des méningites chez les personnes immunodéprimées (par exemple SIDA déclaré). L’espèce C. neoformans se compose de trois variantes : C. neoformans v. gattii, v. grubii et v. neoformans. La première se rencontre essentiellement sous les tropiques. On l’a également observée dans le sud de l’île de Vancouver, sur la côte ouest du Canada. On a établi que sa distinction paraissait suffisante des autres sous-espèces la qualifie en tant qu’espèce distincte. C. neoformans v. grubii et v. neoformans sont présentes dans le monde entier et souvent dans les sols contaminés par les fientes d’oiseaux. La séquence du génome de C. neoformans v. neoformans a été publiée en 2005.

En 2007, des chercheurs ont découvert une moisissure noire renfermant Cladosporium sphaerospermum, Wangiella dermatitidis et Cryptococcus neoformans à l’intérieur de la centrale nucléaire de Tchernobyl. Cette découverte a eu lieu dans un environnement caractérisé par des niveaux de radiations plusieurs centaines de fois supérieurs à la normale. Cependant, les mécanismes biochimiques par lesquels ces organismes peuvent utiliser les rayons gamma pour produire leur énergie métabolique à l’aide de la mélanine, un pigment biologique noir, restent inconnus.

Cryptococcus gatti

Cryptococcus gattii, autrefois connu sous le nom de Cryptococcus neoformans var. gattii, est une levure encapsulée principalement présente dans les climats tropicaux et subtropicaux. Son téléomorphe est Filobasidiella bacillispora, un champignon filamenteux classé dans les Tremellomycetes. C. gattii est l’un des deux agents responsables de la cryptococcose (avec C. neoformans). Les symptômes de l’infection par C. gattii incluent la cryptococcose pulmonaire, la méningite basale et les cryptococcomes cérébraux, parfois accompagnés d’infections cutanées, tissulaires, ganglionnaires, osseuses et articulaires. Ces dernières années, il est apparu en Colombie-Britannique, au Canada, et dans le nord-ouest du Pacifique, potentiellement transporté par des tsunamis comme celui de 1964 en Alaska.

Cryptococcus gattii a récemment été subdivisé en cinq espèces : C. gattii, C. bacillisporus, C. deuterogattii, C. tetragattii et C. decagattii.

Cette levure occupe un habitat spécifique dans les creux d’arbres en décomposition des régions tropicales, subtropicales et tempérées, contaminant les sols adjacents et les produits ligneux. Des études ont relevé la présence de C. gattii dans des débris de sol associés à certaines espèces d’arbres en Californie du Sud.

Bien qu’à l’origine associées aux régions tropicales et subtropicales, on signale des infections à C. gattii dans diverses régions, notamment en Afrique subsaharienne, en Papouasie-Nouvelle-Guinée, en Australie du Nord, au Brésil, en Inde et dans le nord-ouest du Pacifique. Cette levure a la réputation de causer davantage de cryptococcose même chez les individus immunocompétents, avec une propension à se limiter aux poumons plutôt qu’à se propager au système nerveux central.

Comment se manifeste la cryptococcose chez l’animal ?

Cryptococcus neoformans est un agent pathogène fongique qui infecte principalement les mammifères, avec une incidence particulièrement élevée chez les chats et les ruminants.

À l’échelle mondiale, cette infection se répand. Les manifestations cliniques varient selon les espèces infectées :

• chez les chats, on observe principalement une atteinte des voies respiratoires supérieures,
• chez les chiens, une atteinte neurologique est plus fréquente,
• et chez les ruminants, on signale des cas de mammite.

Bien que souvent asymptomatique chez les oiseaux, notamment les pigeons, la cryptococcose est bien connue des vétérinaires chez divers autres animaux, tels que les bovins, les moutons, les chèvres, les chevaux, les animaux sauvages et d’autres oiseaux.  Cependant, c’est chez les chiens, et surtout chez les chats, que cette infection est le plus souvent diagnostiquée, représentant ainsi la maladie fongique profonde la plus courante chez ces derniers.

Chez les animaux infectés, Cryptococcus provoque généralement une sinusite chronique, des ulcères cutanés, et parfois une inflammation locale des tissus conduisant à l’apparition d’une bosse sur l’arête du nez chez les chats. Il est à noter que chez le chat, cette infection peut être associée à une infection de type FeLV.

Les sources d’infection courantes incluent le sol, le fumier de volaille et les excréments de pigeon. Par ailleurs, le réchauffement climatique, en modifiant les conditions environnementales et en favorisant l’adaptation des champignons pathogènes à des températures plus élevées, pourrait potentiellement accroître les risques épidémiologiques de la cryptococcose pour les humains.

Comment s’effectue la transmission de cette maladie ?

Les levures de Cryptococcus neoformans sont largement répandues dans l’environnement, principalement sur des sols riches en matières organiques comme les fientes d’oiseaux, notamment celles des pigeons, où elles se multiplient abondamment. Leur résistance est élevée et peut persister pendant plusieurs années dans les fientes desséchées. La transmission à l’animal se fait principalement par voie aérienne.

Chez l’homme, la transmission de la cryptococcose survient principalement par l’inhalation de levures provenant de l’environnement extérieur. On n’a observé aucune contamination à partir d’animaux atteints de cryptococcose. En France, on signale environ une centaine de cas chaque année, principalement chez des personnes immunodéprimées.

Les individus immunodéprimés sont particulièrement exposés lorsqu’ils effectuent des activités entraînant la suspension de poussières contaminées par des levures, telles que les interventions ou le nettoyage dans des lieux souillés par des fientes d’oiseaux, comme les bâtiments, les pigeonniers, les combles et les greniers.

Après inhalation, Cryptococcus peut se disséminer dans le corps, notamment vers le cerveau et les méninges, entraînant une méningo-encéphalite cryptococcique, une condition potentiellement mortelle en l’absence de traitement. Des lésions pulmonaires peuvent également survenir, guérissant souvent spontanément chez les personnes en bonne santé, mais pouvant entraîner des complications chez les individus immunodéprimés.

En plus des poumons et du système nerveux, Cryptococcus peut infecter d’autres tissus tels que la peau, les os, les articulations, le foie, la rate, la prostate, etc., provoquant des lésions localisées pouvant être asymptomatiques ou entraîner des symptômes légers à modérés.

Quels sont les symptômes chez l’Homme ?

Les symptômes et l’évolution de la cryptococcose varient selon les individus. Chez les personnes immunodéprimées, elle se manifeste principalement par une atteinte du système nerveux central. La forme clinique la plus courante est une méningo-encéphalite disséminée, présente dans plus de 60 % des cas, et dans plus de 80 % des cas chez les patients infectés par le VIH. Les symptômes comprennent des céphalées, une fièvre modérée, des vertiges, une irritabilité, des troubles de l’idéation, des crises convulsives, une obnubilation, voire un coma, une paralysie d’un nerf crânien et un déficit moteur. En cas de traitement, la mortalité précoce reste élevée, avec un taux d’environ 27 % chez les patients non VIH et 14 % chez les patients VIH.

L’infection peut également se localiser dans les poumons, se manifestant par une pneumopathie caractérisée par une toux et une fièvre modérée, ou dans tout autre organe. Des lésions cutanées peuvent également apparaître, résultant d’une dissémination de la levure dans le sang, se présentant sous forme de papules indolores susceptibles de s’ulcérer. Certains patients peuvent être asymptomatiques.

Système nerveux central

Les localisations de la cryptococcose au niveau du système nerveux central se manifestent le plus souvent sous la forme d’une méningite tuberculeuse, caractérisée par une installation progressive, des céphalées frontales, une raideur de la nuque et des vomissements. Cette forme de méningite, en l’absence de traitement, entraîne toujours le décès en moins d’un an. La méningo-encéphalite cryptococcique débute généralement de manière progressive et insidieuse, avec des céphalées et une fièvre modérée. Par la suite, d’autres symptômes s’ajoutent, tels que des vertiges, des troubles de l’humeur et de la mémoire, des déficits moteurs et sensoriels, ainsi qu’une raideur de la nuque.

Cryptococcus neoformans a la capacité d’envahir les méninges ainsi que le parenchyme cérébral, signant généralement une infection disséminée lorsqu’on observe une atteinte méningée. Chez les patients immunodéprimés, on met en évidence une localisation extra-méningée dans plus de 50 % des cas. Dans le cas du SIDA, la méningite cryptococcique peut ne présenter que des symptômes minimes, voire aucun symptôme, bien que les céphalées soient fréquentes, parfois évoluant lentement vers une altération de l’état mental.

Les symptômes de la méningo-encéphalite disséminée sont variés et principalement dus à un œdème cérébral. Ils incluent des céphalées, une fièvre modérée, des vertiges, de l’irritabilité, des troubles de la vision, de l’agitation, des paralysies oculaires ou faciales, une cécité, des délires, des convulsions, des troubles moteurs et un coma. Le pronostic de la maladie est souvent lié à la rapidité de l’évolution des symptômes et à l’ampleur de l’hypertension crânienne. Un traitement rapide est essentiel à ce stade, mais il n’est efficace que dans 75 à 85 % des cas.

Poumons

La localisation pulmonaire de la cryptococcose se manifeste cliniquement le plus souvent par une bronchite subaiguë, caractérisée par une fièvre modérée et une toux rare produisant peu de crachats muqueux. L’infection pulmonaire se traduit également par des signes non spécifiques tels que la toux et une fièvre modérée. Chez les individus infectés par le VIH, cette infection peut se présenter sous forme de pneumonie sévère et d’essoufflement.

La pneumopathie à cryptococcus est le plus souvent asymptomatique lors de la primo-infection pulmonaire et guérit spontanément. Elle peut se manifester par des symptômes non spécifiques tels que la toux avec ou sans expectoration, des douleurs thoraciques, de la fièvre et de la dyspnée. Certains cas peuvent évoluer vers une détresse respiratoire aiguë. De nombreux patients infectés par Cryptococcus restent asymptomatiques malgré la présence de l’infection pulmonaire. Ceux qui présentent des symptômes de pneumonie ont généralement une toux et d’autres symptômes respiratoires non spécifiques. Cependant, chez les patients atteints du SIDA, les infections cryptococciques peuvent se manifester comme une pneumonie grave évolutive, avec une dyspnée aiguë et des résultats radiographiques similaires à ceux de l’infection à Pneumocystis.

Peau et autres localisations

L’atteinte cutanée de la cryptococcose survient chez environ 5 à 10 % des patients et est souvent le signe d’une dissémination hématogène de l’infection. Initialement, une papule se forme, évoluant ensuite en pustule avant de finir par s’ulcérer. Ces lésions se localisent principalement sur le visage et les extrémités. Les inoculations cutanées entraînent généralement la formation de chancres limités. Une diffusion dermatologique est courante, se manifestant sous forme de lésions pustuleuses, papuleuses, nodulaires ou ulcéreuses, parfois similaires à l’acné, au molluscum contagiosum ou au carcinome basocellulaire.

Les formes cutanées de la cryptococcose disséminée présentent divers aspects, pouvant évoquer tantôt de l’acné, tantôt des lésions gommeuses, ulcérées, plus ou moins granulomateuses et souvent étendues. Cette manifestation cutanée est relativement fréquente et se traduit par l’apparition de papules indolores tendant à s’ulcérer.

L’atteinte osseuse de la cryptococcose affecte généralement les épiphyses, les os du crâne et les vertèbres, se présentant sous un aspect pseudotuberculeux. Les lésions sont fréquemment multiples, petites, lytiques et évoluent lentement.

Dans les formes disséminées de la maladie, tous les organes peuvent être touchés. Les hémocultures s’avèrent souvent positives. Les organes potentiellement affectés comprennent l’œil (choriorétinites, endophtalmies, conjonctivites), le cœur (myocardite, endocardite, péricardite), les reins, la prostate, le foie, le pancréas et les surrénales.

Comment diagnostique-t-on la cryptococcose ?

Le diagnostic de la cryptococcose repose sur plusieurs examens :

• Un examen clinique permet d’évaluer les symptômes présentés par le patient.
• L’analyse de fluides et de tissus est essentielle. On met en culture les échantillons prélevés, tels que le liquide céphalorachidien, les expectorations, l’urine, les tissus et le sang, pour détecter la présence de Cryptococcus neoformans.
• Une radiographie du thorax peut être réalisée pour identifier d’éventuelles anomalies pulmonaires.

Des tests rapides sont désormais disponibles pour faciliter le diagnostic au chevet du patient. La recherche du Cryptococcus neoformans se fait dans les lésions superficielles, le liquide céphalorachidien, les crachats ou même le lavage bronchoalvéolaire. L’identification du champignon se fait par examen direct, à l’aide de la coloration à l’encre de Chine, mettant en évidence sa forme ronde à ovale et sa reproduction par bourgeonnement. On peut également réalisé une culture sur milieu spécifique, tel que l’agar niger.

D’autres méthodes diagnostiques incluent la culture du liquide céphalorachidien, des expectorations, de l’urine et du sang, ainsi que la coloration des prélèvements de tissus fixés. L’analyse du liquide céphalorachidien et sérique à la recherche de l’antigène cryptococcique est également courante.

Les symptômes d’infection suggèrent généralement le diagnostic clinique de la cryptococcose chez les patients immunocompétents. Au contraire, on observe une infection plus sévère chez les patients immunodéprimés. L’identification du micro-organisme dans les cultures ou la détection d’antigènes spécifiques confirme le diagnostic.

Comment traiter cette infection fongique ?

Le traitement de la cryptococcose débute par une phase d’attaque qui consiste en l’administration combinée d’amphotéricine B (Fungizone) et de flucytosine (Ancotil) pendant au moins deux semaines. Ensuite, on peut utiliser un dérivé triazolé tel que le fluconazole (Triflucan) en relais. Pour les formes graves comme les méningo-encéphalites et les pneumopathies sévères, on recommande une association d’amphotéricine B liposomale et de 5-fluorocytosine, suivie de fluconazole à posologie élevée. En cas d’hypertension intracrânienne, on peut réaliser des ponctions lombaires.

L’amélioration clinique est souvent lente, nécessitant une à deux semaines, tandis que la rémission n’intervient généralement qu’après au moins six semaines de traitement initial. Des séquelles peuvent persister après guérison. Pour les patients atteints du VIH, un traitement prophylactique des rechutes est systématique jusqu’à ce qu’une reconstitution immunitaire complète soit obtenue grâce aux traitements antirétroviraux.

Le traitement varie selon la manifestation de la maladie. En cas de méningite cryptococcique, on privilégie l’amphotéricine B avec ou sans flucytosine, suivie de fluconazole. Pour les formes non méningées, le fluconazole est généralement efficace.

Chez les patients asymptomatiques sans VIH et présentant une infection cryptococcique incidente, un traitement antifongique peut ne pas être nécessaire. Cependant, en présence de symptômes extra-pulmonaires, on recommande le traitement par fluconazole.

En cas de maladie plus grave, comme une méningite, le schéma thérapeutique standard inclut une induction avec l’amphotéricine B liposomale et la flucytosine, suivie d’un traitement de consolidation par le fluconazole. Pour les patients atteints du SIDA, le traitement est similaire, avec une attention particulière à la surveillance de la pression intracrânienne.

Enfin, pour les patients présentant des symptômes légers à modérés d’une atteinte pulmonaire localisée, le traitement par fluconazole seul peut être suffisant.

Comment prévenir la contamination ?

Les mesures générales de prévention contre la cryptococcose comprennent des pratiques d’hygiène générale telles que la réduction de l’exposition aux poussières par une bonne aération, ventilation et humidification des sols avant le nettoyage. Le nettoyage et la désinfection des locaux et des équipements sont essentiels, en utilisant des désinfectants autorisés conformément aux directives gouvernementales.

Il est crucial de fournir une formation et une information adéquates aux salariés sur les risques associés à la cryptococcose, ainsi que sur les mesures préventives collectives et individuelles à adopter. Des moyens appropriés tels que de l’eau potable, du savon, des essuie-tout en papier et une trousse de premiers secours doivent être mis en place, en consultation avec le médecin du travail.

On recommande d’avoir des armoires-vestiaires distinctes pour les vêtements de ville et de travail afin d’éviter la contamination croisée. Les vêtements de travail et les équipements de protection individuelle doivent être appropriés, en bon état, propres et bien entretenus. On conseille également d’éviter autant que possible toute activité générant des poussières et de nettoyer les déjections animales avec précaution, en évitant les jets d’eau à très haute pression et en portant des gants et des bottes.

Le respect des règles d’hygiène est primordial, notamment le lavage régulier des mains à l’eau potable et au savon, l’interdiction de manger, boire ou fumer sur les lieux de travail, et le nettoyage régulier des vêtements de travail, des gants et des bottes. En cas d’immunodépression, il est important de suivre les recommandations du médecin traitant concernant la poursuite de l’activité professionnelle et d’éviter toute activité exposant à la dispersion de poussières, en évaluant éventuellement la nécessité du port d’une protection respiratoire en consultation avec le médecin du travail.

Epidémiologie

La cryptococcose est une infection fréquente chez les individus immunodéprimés, notamment ceux atteints du SIDA, et elle est responsable de plus de 600 000 décès annuels dans sa forme méningée (données de 2009).

Sur le plan de la santé animale, la cryptococcose n’est pas considérée comme une maladie contagieuse, et du côté de la santé publique, elle ne nécessite pas de déclaration obligatoire. Actuellement, la maladie ne figure pas dans les tableaux de maladies professionnelles. Les souches Cryptococcus neoformans var. neoformans et gattii sont classées dans le groupe de danger 2 selon le code du travail.

Bien que 80 % des individus présentent des anticorps anti-C. neoformans sans développer de cryptococcose, la maladie reste rare. Avant l’introduction des traitements antirétroviraux en 1996, la cryptococcose touchait entre 1 et 10 % des patients infectés par le VIH. Depuis lors, on l’observe principalement chez les patients en échappement virologique ou ignorant leur séropositivité, avec environ 100 cas par an en France. Cependant, dans les régions où les traitements antirétroviraux ne sont pas largement accessibles, la cryptococcose reste une cause majeure de décès chez les patients atteints du SIDA, en particulier en Afrique et en Asie du Sud-Est.

Chez les patients non infectés par le VIH, le nombre de cas reste stable, avec une incidence annuelle estimée à 0,8 cas pour 100 000 aux États-Unis. Le principal facteur favorisant la cryptococcose est le déficit de l’immunité cellulaire. Parmi les autres facteurs de risque, on retrouve la corticothérapie prolongée, les hémopathies lymphoïdes, les transplantations d’organe et la sarcoïdose.

La cryptococcose est responsable d’environ 15 % des décès liés au VIH, la majorité survenant en Afrique subsaharienne. On la considère comme une infection opportuniste chez les patients atteints d’immunodéficience. En France, on associe environ 40 % des cas de cryptococcose au VIH.